「마음대로」 は、「心のとおり」…⇒「思うとおり」 という意味で、

聞き手に対して少し突き放したニュアンスを帯びます。

一方、「알아서」 は、「分かって」…⇒「（情況などが）分かった上で（上手く ）」 といった意味ですので、

「勝手にしなさい」 という意味に近いのは「 마음대로 하세요」 の方ということになります。